Aus den Chroniken der Gemeinde weiß man, dass bereits die alte Endenicher Pfarrkirche, die aber an einer anderen Stelle des Ortes lag, eine Orgel besaß. Dies ist durch eine Auseinandersetzung mit dem Poppelsdorfer Orgelbauer Kraft belegt, der sich in einem Vertrag mit dem Kirchenvorstand aus dem Jahre 1847 verpflichtete, innerhalb von fünf Monaten eine neue Orgel zu liefern. Nach der Fertigstellung des Instruments verweigerte man jedoch die Bezahlung, da die Orgel bei der Prüfung nicht abgenommen wurde. Die kirchliche Behörde in Köln verbot sogar Zahlungen aus der Kirchenkasse, und so musste die Gemeinde später in Raten für die Anschaffung der Kraft-Orgel bezahlen. [Welfer, Herbert: Endenich. Die Geschichte eines Bonner Vorortes. Bonn 1887. S. 341f.]

Eine erste Orgel in der neuen Endenicher Kirche wird durch einen am 29.8.1895 von Orgelbauer Georg Stahlhuth [Brieftagebücher der Firma Georg Stahlhuth, Aachen. Hier Kostenvoranschlag vom 28.8.1886. Bonn - Endenich] aus Burtscheid/Aachen verfertigten und später ausgeführten „Kostenvoranschlag für Endenich" belegt. Stahlhuth beschreibt darin Einzelheiten des Instruments, das in Endenich nach seiner Fertigstellung im linken Seitenarm aufgestellt wurde. Es war mit Kegelladen, pneumatischen Trakturen (Röhrenpneumatik), einem vor der Orgel stehenden Spieltisch (Eichenholz, weiße Unter-, schwarze Obertasten), 2 Manualen (Umfang: C-f3), Pedal (Umfang: C-?) und 21 klingenden Registern ausgestattet. Der Preis des Orgelwerks sollte laut Kostenanschlag 7458 Mark betragen.

Disposition der Stahlhuth-Orgel von 1895:

Im Jahre 1914 erbaut dann Johannes Klais aus Bonn eine neue Orgel für die Magdalenenkirche, sein Opus 533. Das Werk war mit Kegelladen, pneumatischen Trakturen, freistehendem Spieltisch (weiße Unter-, schwarze Obertasten), 3 Manualen (Umfang: C-?), Pedal (Umfang: C-f1) und 35 klingenden Registern erbaut. [Archiv des Hauses Johannes Klais Orgelbau, Bonn: Opuskartei 533. Bonn - Endenich. St. Maria Magdalena 1814.] Auf einem Meldebogen [Historisches Archiv des Erzbistums Köln: GVA 9/49. Meldebogen Nr. 7513 vom 11.8.1944] für Orgeln vom 11.6.1944 ist die Disposition des Instruments in folgender Gestalt verzeichnet:

Disposition der Klais-Orgel von 1914 (Stand: 1944):

Dass Johannes Klais noch aus der Stahlhuth-Orgel stammendes Pfeifenmaterial wiederverwendete, darf heute ausgeschlossen werden, da der Verkauf der alten Endenicher Orgel in die Gemeinde St. Martinus in Niederpleis im Jahre 1921 belegt werden kann. Ob das Werk bis zu seinem Verkauf noch in der Kirche stand (Neubau Klais 1914!) oder bereits zu einem früheren Zeitpunkt abgebaut und gelagert wurde, konnte nicht festgestellt werden. Ein Eintrag im Opusbuch II der Firma Ernst Seifert, Köln-Mansfeld [S. 132, 133] bestätigt die Umstellung, Reparatur und Überarbeitung des Instruments. Es spielte ab 1914, obgleich sehr störanfällig über 70 Jahre lang, bis man 1977 eine große und umfassende Restaurierung und eine erneute Erweiterung durch Johannes Klais Orgelbau, Bonn, in Auftrag gab.

Die heutige Orgel ist nahezu unverändert erhalten. Der Registerbestand, der bei der Renovierung um 10 neue Register erweitert wurde, stammt zum größten Teil von Johannes Klais aus dem Jahre 1914.

Der Prospekt, der fast kein Gehäuse aufweist, ist durch 3 voneinander zu unterscheidende Pfeifenfelder klar gegliedert. Da sind zum einen die auf beiden Seiten angebrachten kreisrunden Pedaltürme, die mit je einem Kranz aus feinen Holzornamenten zusammengehalten werden, zum anderen das untere mittlere Pfeifenfeld, das als einziges mit einem Teilgehäuse versehen ist und das wiederum freistehende obere mittlere Pfeifenfeld, das die Orgel krönt. So bietet sich dem Betrachter ein imposantes, aber doch kompaktes Orgelbild, das den Proportionen des Raumes voll entspricht.

Die Orgel wurde als Opus 1566 mit Schleifladen, mechanischer Spiel- und elektrischer Registertraktur erneuert [Archiv des Hauses Johannes Klais Orgelbau, Bonn: Opusmappe 1566. St. Maria Magdalena. Bonn-Endenich] und besitzt einen freistehenden Spieltisch mit 3 Manualen (Umfang: C-g3), Pedal (Umfang: C-f1) und 44 klingenden Registern. Die Klaviaturen haben schwarze Unter- und weiße Obertasten, die Registerzüge sind in vier stufenförmig angelegten Halbkreisen rund um den Spieltisch angelegt.

An Spielhilfen stehen die Normalkoppeln I-II, III-II, III-I, I-P, II-P, III-P und Tremulanten für Schwellwerk und Positiv zur Verfügung. 3 Freie Kombinationen und der Auslöser werden mit Druckknöpfen unterhalb des 1. Manuals betätigt. Die Koppeln sowie die meisten der anderen Spielhilfen können zusätzlich mit Pistons betätigt werden.

Das über der Orgel in der hinteren Emporendecke eingelassene Schwellwerk (3. Manual) ist mit Jalousien versehen, die durch einen Schwelltritt am Spieltisch bewegt werden.

Im Jahr 2005 erfolgte der Einbau einer modernen Setzeranlage.

Disposition der heutigen Orgel (* = Register von Johannes Klais 1914):

Quelle: Jurgilewitsch, Peter & Wolfgang Pütz-Liebenow: „Die Geschichte der Orgel in Bonn und im Rhein-Sieg-Kreis", Bonn, 1990, S. 79-82.
Bildquelle: (1) Jurgilewitsch, Peter & Wolfgang Pütz-Liebenow: „Die Geschichte der Orgel in Bonn und im Rhein-Sieg-Kreis", Bonn, 1990, Bildteil, Abb. 12. (2) STR, Bonn