Die Ursprünge der Orgel in St. Josef reichen bis in das Jahr 1888 zurück. In diesem Jahr baute der Bonner Orgelbauer Johannes Klais für die Josefskirche eine Orgel mit 17 Registern auf 2 Manualen und Pedal mit mechanischer Traktur. Den neugotischen Prospekt gestaltete der Künstler Hackenberg aus Köln, der auch einige andere Einrichtungsgegenstände für die Kirche geschaffen hat.
Im Laufe der folgenden Jahrzehnte erfuhr die Orgel manche Veränderungen, so mußten die Prospektpfeifen 1917 im Zuge des 1. Weltkrieges abgegeben werden.
Diese wurden 1935 bei einer Überholung der Orgel wieder ergänzt, außerdem bekam der Blasebalg einen Motor (bis dahin wurde die Orgel mit "Muskelkraft" betrieben!).
1956 erfolgte die erste Restaurierung durch die Orgelbaufirma Seifert in Kevelaer. Das Register "Tuba 16'" im Pedal wurde durch "Choralbaß 4'" ersetzt.
Im Jahre 1978 wurde die Orgel von der Firma Seifert auf Anraten des damaligen Kölner Domorganisten Prof. Zimmermann weitgehend umgestaltet, die Traktur wurde elektrifiziert, 6 alte Klais-Register ersetzt und 2 Register umgebaut. Der ursprüngliche "romantische" Klang der Orgel wandelte sich, der damaligen Mode folgend, in einen neo-barocken Klang.
Aus heutiger Sicht erscheint der Umbau von 1978 unbefriedigend und unverständlich. Das Ergebnis war ein fragwürdiger Orgeltorso mit einem völlig unterbesetztem Pedal, einem schrillen Positif und nur einer einzigen Zungenstimme (Trompete 8'). Dieses Register ersetzte die Firma Seifert 1979 durch eine neue Trompete.
Im Jahre 1982 wurde eine Chororgel mit 5 Registern angeschafft, die im linken Seitenschiff ihre Aufstellung fand und vom viermanualigen Hauptspieltisch aus zu bedienen ist.
Als 1993 klar wurde, daß eine umfangreiche Renovierung der Orgel dringend erforderlich ist, beschloß der Kirchenvorstand, diese mit der schon länger geplanten Fertigstellung der Orgel zu verbinden.
Prof. Hans-Dieter Möller, der Orgelsachverständige des Erzbistums Köln, entwarf in Zusammenarbeit mit Kantor Guido Harzen ein Konzept, das die vorhandene historische Substanz weitgehend bewahrt, die Orgel aber um ein Schwellwerk, 3 Pedalregister sowie eine zweite Zungenstimme im Hauptwerk erweitert.
Die Arbeiten führte wiederum die Firma Seifert aus Kevelaer durch.
Am 26. März 1995 wurde die Orgel feierlich von Pfarrer Johannes Büsching geweiht und ihrer liturgischen Bestimmung übergeben.
Das erste Orgelkonzert bestritt der Kölner Domorganist Prof. Clemens Ganz eine Woche später, am 2. April 1995.
Seitdem finden regelmäßig Konzerte an der klangprächtigen Orgel der Josefskirche statt und zahlreiche bekannte Organisten waren bereits in der Reihe "Konzerte in St. Josef" zu Gast, so z. B. der Prager Orgelvirtuose Ales Bàrta, der Hildesheimer Domorganist Thomas Viezens oder der ehemalige Kevelaerer Basilikaorganist und geniale Improvisator Prof. Wolfgang Seifen.
